2021年12月28日，地铁20号线正式通车，深圳城市轨道交通运营里程达到419公里，共288个车站(不含有轨电车)。深圳全网12条地铁线路日均客运量达596.89万人次(不含有轨电车)。2021年12月31日，全网日客流量首次突破800万大关，达842.23万人次，创单日客流历史新高。全网客运强度为1.42万人次/(公里?日)，位列全国四大一线城市第2，仅次于广州1.44万人次/(公里?日)。

其中，地铁5号线日均客运量达到102.62万人次，成为目前深圳最繁忙的地铁线路。地铁5号线于2011年6月开通，该线累计客运量达到3.75亿人次，历史最高单日客运量为142.76万人次，出现在2021年12月31日。

2021年，深圳地铁单日客运量最大的车站是深圳北站，客流达34万人次。深圳北站是港铁(深圳)4号线，深圳地铁5号线、6号线的换乘枢纽站点，其中港铁(深圳)4号线和深圳地铁6号线的车站为高架站，深圳地铁5号线的车站为地下站。该站不仅承担着接驳深圳北铁路客运站客流的重任，还肩负着每日安全运送“深圳人”高峰通勤换乘的重要使命。

在运能提升方面，2021年，深圳地铁集团所辖的线路共优化行车组织19次。运能提升后，工作日整体运能提升9.76%，周末整体运能提升3.09%，节假日整体运能提升3.88%，全年延长运营32天。其中地铁1号线最小行车间隔首次进入2分钟，是深圳地铁高峰期行车间隔最短的线路。

此外，2021年，深圳地铁乘车码(包括腾讯乘车码、深圳通乘车码)日均使用量达215万人次(不含4号线)，占日均各类票卡使用量的63.89%，成为目前使用人数最多的乘车方式。